Lynn Scarlett inició sus funciones de secretaria adjunta del Departamento del Interior tras la renuncia de la antigua secretaria Gale Norton el 1º de abril de 2006. En noviembre del 2005, se confirmó su nombramiento para subsecretaria del departamento, cargo que asumió después de cuatro años como la secretaria adjunta de política, administración y presupuesto del departamento. Es miembro del Comité Ejecutivo del Consejo Directivo (Management Council) del Presidente.

La señora Scarlett coordina los programas de política ambiental del departamento para poner en vigor el decreto ejecutivo sobre conservación cooperativa del Presidente, y es miembro del Grupo de Trabajo para la Conservación Cooperativa de la Casa Blanca (White House Cooperative Conservation Task Force). De junio del 2003 a l2004, presidió el Consejo de Líderes a cargo de los Incendios en Parajes Naturales (Wildland Fire Leadership Council), un foro interinstitucional e intergubernamental para poner en práctica el Plan Nacional contra los Incendios (National Fire Plan) y el Plan de Implementación de 10 Años (10-Year Implementation Plan). Es copresidenta de la directiva del programa de preservación histórica y turismo cultural de Preserve America del Presidente y la Primera Dama. También es copresidenta del Consejo de Líderes a cargo de las Cuotas de Recreación (Recreation Fee Leadership Council), un grupo interinstitucional del gobierno federal que coordina la política y las prácticas de las cuotas de recreación. Es miembro del consejo asesor de la Udall Foundation en su calidad de representante del Departamento del Interior.

Antes de incorporarse al gobierno del Presidente Bush en julio del 2001, fue presidenta de la Reason Foundation de Los Ángeles, una organización sin fines de lucro dedicada a la investigación y comunicación sobre temas de actualidad.

La señora Scarlett es autora de numerosas publicaciones sobre políticas ambientales basadas en incentivos. La señora Scarlett recibió su licenciatura y maestría en ciencias políticas de la University of California, Santa Barbara, donde también concluyó cursos y exámenes para su doctorado en ciencias políticas y economía política.